2001年6月，王敏斡先生与香港鲸豚研究计划所研究主任、鲸豚研究专家洪家耀博士，香港环境资源管理顾问有限公司的海草研究专家方静威博士来到沙田，与保护区工作人员开展调查工作； 2002年9月7日——18日，宁耕副站长率队到安微省铜陵淡水豚自然保护区和南京师范大学遗传资源研究所考察； 2002年10月30日——12月2日罗金福书记率领2名科技人员到安微省黄山市参加全国生物多样性和自然保护区管理培训班学习； 2002年11月10日——13日邀请南京师范大学遗传资源研究所杨光博士、徐信荣老师到我站讲授有关海兽搁浅救护与处置知识，讲授海兽野外调查的技术要求等知识； 2002年～2008年参与与中国科学院南海海洋研究所承担的“UNEP/GEF‘扭转南中国海及泰国湾环境退化趋势’项目中国海草课题研究工作。 2008年，赖春苗站长率队到中国科学院水生所安微省铜陵淡水豚自然保护区、南京师范大学遗传资源研究所考察学习。 2008年，2名科技人员参加了环保部举办的自然保护区管理培训班。 北京大学遗传资源研究所著名教授潘文石先生也多次率领研究小组到我站讲学、调查研究，并介绍国外儒艮等珍稀濒危动物的最新动态及管护的先进经验。 与北京大学、南京师范大学、中科院南海海洋研究所、香港鲸豚保护基金组织、香港海洋环保协会、安微省铜陵淡水豚自然保护区等科研及管理机构建立了合作关系，并进行互访交流。
