1、保护以儒艮和中华白海豚为主（包括其它海豚和江豚、海龟等）的珍稀海生动物及其栖息环境，维护生物多样性。
    2、保护儒艮的主要食料，如喜盐草、二药藻等水生植物。
    3、开展对儒艮和中华白海豚等珍稀海洋哺乳动物的种群及其生活习性、活动规律、栖息环境等的观测调查及科学研究。每年进行3期海草资源调查工作。
    4、开展保护儒艮和中华白海豚等珍稀洋哺乳动物的宣传及科普教育工作。
    5、进行海上巡逻，组织参与保护区及其附近海域违法圈海养殖的专项清理行动，查处破坏保护区的各种违法活动。
    6、防止沿岸“三废”对自然保护区海域的污染，每年开展3期海水水质监测、1期污染源监测工作，保护儒艮和中华白海豚等珍稀海生动物的栖息环境。