1、办公室：主要负责本站的文书、政工人事、档案、财务、车辆管理等行政后勤管理工作，并协助各业务科室做好业务工作。

    2、监测室：主要负责开展各项常规监测、突发环境事故应急监测及环境影响评价、竣工验收等委托监测，并开展水、气、土壤、底质、植物、生物残留体、固体废物、噪声、海水、海洋沉积物和生物体等实验室分析工作。

    3、综合技术室：负责本站技术管理和对外业务接洽工作。具体负责各种技术规范和标准收集、解释、监测业务培训、技术报告编制、项目委托等工作。

    4、质量管理室：负责本站质量监督管理工作，具体负责本站计量认证、质量保证、实验用品、仪器设备的管理和维护等工作。

    5、生态研究室：负责本站生态监测和科研工作，并开展叶绿素a、粪大肠菌群、总大肠菌群及浮游植物、浮游动物、底栖生物鉴定等生物实验分析工作。

 
    6、自动监测室：负责组织广西近岸海域水质自动监测站建设和管理工作，具体负责海洋自动监测系统的日常监控、维护保养，数据的接收、分析、编报水质自动监测报告。

    7、儒艮管理站办公室：负责儒艮保护区的日常管理工作，开展儒艮、中华白海豚等国家珍稀海生动物及其栖息环境、海草床生态系统的保护、研究、宣传教育工作；依法查处破坏保护区的各种违法活动，防止沿岸“三废”对自然保护区海域的污染。

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